Tandis que les manuscrits retournent à bibliothèque de Chartres, les reproductions sont confiées à des chercheurs, chacun selon sa spécialité, pour une étude scientifique en deux étapes :
a) Le premier objectif consiste à transformer virtuellement une liasse de feuillets qui ont perdu leur reliure, leur numéro de feuillet et leur succession originelle, en un livre structuré, remis en ordre et consultable. Pour cela, le chercheur se livre à ces trois opérations :
- identification des textes, grâce à sa connaissance de la littérature antique et médiévale, assistée par la consultation des concordances électroniques ;
- remise en ordre du manuscrit, par comparaison avec le catalogue de 1890 et parfois à l'aide de microfilms d'avant-guerre ;
- chaque fois que possible, identification du numéro de feuillet, grâce encore à la comparaison avec ce catalogue et les reproductions anciennes.
Les reproductions des fragments peuvent alors être réordonnées dans la Bibliothèque virtuelle des manuscrits médiévaux : voir par exemple le ms. 62, un recueil de médecine du Xe siècle.
b) Ensuite, selon ses particularités, le manuscrit pourra faire l’objet d’une édition, d’une étude codicologique, paléographique, artistique ou philologique qui sera jointe à sa notice sur le site internet du projet.
Une journée d'études, organisée par l’IRHT le 22 septembre 2012 à la Médiathèque L’Apostrophe, fut consacrée à plusieurs manuscrits sinistrés.